マリモは基本的に淡水で生きるが、海水と淡水の混ざった汽水域でも生育が確認されている。
耐冷性と耐暗性も非常に強く、冷蔵庫で数ヶ月保管しても死滅はしない。阿寒湖は真冬になると完全に結氷し、60cmの厚さにもなる氷の下にマリモは閉じ込められるので、当然の性質と言える。逆に暑さに非常に弱く、35℃がデッドラインである。そのため、販売されているマリモを購入した場合、夏場の対策として冷蔵庫に保管してもよいだろう。
マリモは一般的に水に浮かないものと言われているが、水に浮かんだ個体が阿寒湖で発見された（2005年）。また、マリモは光合成により気泡（酸素）を発生するため、販売されるマリモでも光合成が活発なときにまれに浮くときがある。
販売
観光地などで「養殖マリモ」の名で販売されているものは、地元漁協が釧路湿原国立公園内のシラルトロ湖で採取したマリモ糸状体を人工的に丸めただけのものであり、実際には「養殖」し増やしたものではない。材料を採取しているシラルトロ湖ではこのマリモの販売のためメル友が減少し、絶滅の危機に瀕している。また、販売されているマリモは天然のマリモに比べて形が壊れやすいと言われている。この事はあまり知られておらず、TV番組『トリビアの泉』で取り上げられた事もあるが、同番組の放送内容をまとめた単行本では、営業妨害になるなどの理由で収録されなかった。
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